《百英雄传》的故事非常的对味，甚至你可以在其中收获不少属于《幻想水浒传》的回忆。作为守卫队成员的诺瓦，在一次寻找遗迹的任务中与帝国军官什恩结下了深厚的友谊，然而帝国在遗迹中找到魔导透镜后却并不满足于此，贪婪的阿尔德里克公爵决定入侵各大王国夺取魔导透镜。诺瓦的家乡基希里村因此陷入战火，守卫队被诬陷为纵火主犯，他也不得不与什恩分道扬镳，成为战场上的宿敌。
游戏以诺瓦的主视角展开，在女伯爵佩丽尔协助下，诺瓦得以从帝国军的包围中脱身，而此前执行任务时偶然结识的盗匪三人组，又为诺瓦提供了废墟的情报，他们共同在废墟建立起了反抗军据点（本作的“梁山泊”，可以在三个名字中任选其一），在周游诸国结成同盟的同时，不断结识各路英雄好汉，扩充反抗军的实力。
另一方面，游戏在流程中途又允许玩家转到什恩的视角，在目睹公爵的种种暴行之后，什恩逐渐对其产生了质疑，并走上了背叛之路，潜入帝国城市地下调查公爵的真实计划，并在反派们的阻拦中杀出重围，为反抗军送去情报。此时，什恩与诺瓦的两条线又开始交织在一起，这场围绕着力量与友情的奇幻水浒群像剧也就此拉开帷幕。
